Francesco Ferrari è nato a Formigine (MO) il 16 giugno 1980. Ha conseguito la laurea in Biotecnologie Mediche nel settembre 2004 presso l’Università di Modena e Reggio Emilia, con una tesi dal titolo “Studio dei profili d’espressione genica di melanociti umani normali da donatori e da pazienti con melanoma sporadico”. Nel gennaio 2005 ha iniziato il corso di dottorato in “Biotecnologie e Medicina Molecolare” presso l’Università di Modena e Reggio Emilia. Nell’autunno 2007 ha vinto un borsa di studio “Sergio Lombroso” per recarsi presso il Weizmann Institute come visiting student, ospitato dal prof. Doron Lancet del Dipartimento di Genetica Molecolare.
Progetto di Ricerca
Francesco Ferrari descrive così il suo progetto di ricerca: “Negli ultimi anni la ricerca biomedica ha subito una forte accelerazione grazie alla conoscenza sempre più approfondita del genoma umano e allo sviluppo di nuove tecnologie in grado di effettuare analisi su scala genomica. Tra queste tecnologie, in particolare, i microarray hanno richiamato l’interesse dei ricercatori come strumento utile ad esaminare l’espressione di migliaia di geni contemporaneamente. I microarray sono stati utilizzati con successo sia nello studio di processi fisiologici che nello studio di processi patologici. Nel campo della ricerca oncologica sono stati impiegati sia nello studio dei meccanismi della tumorigenesi, sia nella ricerca di nuovi marker tumorali, per sviluppare nuovi approcci terapeutici o nuovi strumenti diagnostici. Tra le diverse tecnologie su cui si basano i microarray, i GeneChip Affymetrix si sono evidenziati per la capacità di fornire risultati altamente riproducibili. Infatti è basato proprio sulla tecnologia dei GeneChip Affymetrix un nuovo strumento diagnostico per le leucemie su cui è attualmente in corso un trial clinico. Per quanto riguarda invece i microarray tradizionali, utilizzati per la ricerca scientifica, nel corso degli anni è stato dimostrato che le annotazioni dei probeset Affymetrix, sebbene precise e regolarmente aggiornate, presentano alcuni aspetti critici. Questo è dovuto fondamentalmente all’evoluzione delle annotazioni delle sequenze genomiche rispetto al momento in cui furono progettati gli oligonucleotidi presenti sui GeneChip. Diversi studi hanno dimostrato che esiste una discrepanza nella corrispondenza tra probeset Affymetrix e trascritti, evidenziando che molti probeset includono oligonucleotidi complementari a più di una sequenza genica e/o oligonucleotidi che non sono complementari a nessuna sequenza trascritta. In collaborazione con i ricercatori del Weizmann Institute stiamo lavorando per ricostruire le associazioni tra oligonucleotidi Affymetrix e geni, sulla base di informazioni genomiche aggiornate, per poi sviluppare nuovi GeneChip Definition Files (CDFs) costantemente aggiornati, che dovrebbero consentire ai ricercatori di sfruttare al meglio i dati ottenibili con i GeneChip Affymetrix.”.